An die Teilnehmer des 78. Deutschen Katholikentages 1958 in Berlin richtete Papst Pius XII. eine Botschaft, in der sich folgende Gedanken zur Idee der Gedenkkirche finden:

Berlin ist das Wahrzeichen eines auseinandergerissenen Volkes. In diesen Tagen habt ihr es jedoch beglückend empfunden, wie euer Glaube, das Einssein in den höchsten Wahrheiten und letzten überzeugungen, euch über alle trennenden Grenzen hinweg verbindet. Dieses Band der Einheit bleibt, auch wenn ihr räumlich wieder voneinander geschieden seid. Jene von euch, die ihr religiöses Leben in Freiheit und Frieden führen können, sollen den anderen, die sich ihres Glaubens willen oft vor fast ausweglose Schwierigkeiten gestellt sehen, mit Gebet und Opfer zu Hilfe kommen. Das ist wirksame Communio Sanctorum, Gemeinschaft der Gläubigen, ganz so wie sie die Christen schon in den Uranfängen der Kirche übten. Berlin ist Schnittpunkt zweier entfremdeter Welten. Aber auch den scheinbar unversöhnlichen Gegensatz, der sie scheidet, hat in diesen Tagen auf einer höheren Ebene euer Glauben und Lieben überwunden. Die ganze Welt, West und Ost, ist Gottes Herrschaftsgebiet. Christus ist der Herr der Welt – Er allein und niemand anderer. Ihr wußtet euch vereint mit allen in West und Ost, die den lebendigen, persönlichen Gott anbeten. Ihrer sind auch im Osten, auch hinaus über die Gemeinschaften eurer Glaubensbrüder dortselbst immer noch unzählige. Aber nicht nur ihnen, auch jenen, die fern von Gott leben, die Gott verneinen und die auch euch von Gott und Seiner Kirche abdrängen wollen, auch ihnen hattet ihr etwas Großes anzubieten: euer Beten, euer Sühnen und euer Opfern. So war eure Tagung echte Koexistenz in der Wahrheit und Gnade.

Gott lebt, und so schwer die Sorge um den Menschen ist – unser Heil bleibt immer der Herr. Als Moses von Gott zu seinem Volk gesandt wurde und nach dem Namen fragte, auf den er sich berufen könnte, antwortete ihm Gott: »lch bin der ›Ich bin‹«. Sage ihnen: »Der ›Ich bin‹ hat mich zu euch gesandt« (Exod. 3,14). Der Name war von mächtigem Inhalt: Gott ist schlechthin, zu jeder Zeit und Über aller Zeit, ewig, allmächtig und getreu. Bei Gott fallen Wort und Tat in eins zusammen.

Der allmächtige Gott ruft auch euch an, jeden von euch bei seinem Namen. Er, Gott, achtet eure Menschenwürde, denn Er hat euch nach Seinem Ebenbild erschaffen. Er kennt euch, eure Lage, eure Not, euer Hoffen und Sehnen; gerade in euren schwersten Stunden ist Er euch am nächs.ten. Im Namen Gones rufen Wir euch zu: Nützt jede Gelegenheit, um den Reichtum eures Glaubens in die Tat umzusetzen. Betet, haltet fest an der Hoffnung, bleibt auch ihr dem Herrn und Seiner Kirche treu. »Der Gott aller Gnade … wird euch ausrüsten, stärken, kräftigen und befestigen. Ihm sei die Ehre und die Herrschaft von Ewigkeit zu Ewigkeit« (1 Petr. 5,10-11).

Wir empfehlen euch der Liebe, dem Schutz und der Fürbitte Marias, der »Königin der Märtyrer«. 

Die folgenden Sätze sind als Schrifttafel am Eingang zum Feierhof in die Wand eingelassen:

An einer Stätte, wo in dunkler Zeit Todesurteile am laufenden Band vollstreckt wurden, plant ihr ein Heiligtum zu Ehren der »Regina Martyrum« und zum Gedächtnis jener aus euren Brüdern und Schwestern, Deutschen und Nicht-Deutschen, die damals ihr Einstehen für die Rechte Gottes und des guten Gewissens mit ihrem Blut besiegelt haben. Es sind nicht wenige, und einige von ihnen waren Uns persönlich bekannt. Ihr aber wollet in dieser so sehr dem Materiellen verhafteten Zeit sie euch vor Augen halten als heldenmütige Bekenner der Tatsache, daß die sittlichen Werte, die Rechte Gottes und der wahre Glaube hoch über allem rein Irdischen stehen und euer unbedingtes Ja bis zur Hingabe des Lebens heischen. Jene aber von euch, die selbst in Not und Gefahr sind, mögen aus ihrem Beispiel Trost und Kraft schöpfen, um durchhalten zu können. Papst Pus XII